Bei den Hochschulbibliotheken erfolgt die Differenzierung nach dem Bibliothekstyp. Hier gibt es zunächst erhebliche Unterschiede zwischen der Situation und Ausstattung von Universitäts- und (Fach-)Hochschulbibliotheken. Letzere bilden also eine eigene Gruppe.

Die Universitätsbibliotheken werden noch einmal differenziert nach einschichtigen und zweischichtigen Bibliothekssystemen. In einschichtigen Systemen bilden die Zentralbibliothek und die Zweig- und Institutsbibliotheken eine organisatorische Einheit; Daten werden für das gesamte System erhoben. In zweischichtigen Systemen gibt es neben der Zentralbibliothek (ggf. mit Zweigstellen) noch selbständige Instituts- oder Fachbereichsbibliotheken, deren Daten nicht in den Vergleich mit einfließen. Daher ist zwischen diesen beiden Systemen einen Differenzierung notwendig. Die Kategorisierung ist allerdings in einzelnen Fällen nicht ganz trennscharf möglich.

Eine weitere Besonderheit betrifft die am BIX teilnehmenden Pädagogischen Hochschulen: Sie sind neben der Versorgung der eigenen Hochschule auch für weitere Hochschulen oder Fakultäten zuständig.